Élisabeth est maintenant novice. Quand elle signe la première lettre après Noël 1901 à sa mère : Élisabeth de la Trinité, bien heureuse en son Carmel, elle ne laisse rien paraître de ce qu'elle vit intérieurement. En effet, son noviciat sera dur, spirituellement parlant. Comme l'écrit Mère Germaine :

Aux radieuses clartés du postulat succédèrent... les ténèbres d'une nuit profonde, auxquelles ne tardèrent pas à s'ajouter des inquiétudes, des peines d'esprit, d'étranges fantômes de l'imagination... Les Souvenirs, Mère Germaine, chapitre VII - le noviciat

Élisabeth découvre une autre forme de souffrance ; elle ne trouve à nouveau la paix que dans une ouverture confiante auprès de sa Prieure dont elle reçoit aussi la force. Mère Germaine est seule à connaître ce combat intime.